胤禛雷厉风行地进行了一场钱粮大清查，规定凡是亏空，三年补齐。他组织了一个得力的领导班子，由康熙十三子怡亲王允祥总理事务，皇舅隆科多、大学士白潢、尚书朱轼会同办理。
清查亏空首先在中央进行，在查到亏空的主要原因是官吏的贪污中饱后，胤禛勒令贪欠官员赔偿。
在此期间，牵连进去的康熙十子敦郡王允俄、内务府堂官李英贵家产被抄归公。
中央如此，地方上的清查也普遍进行。且清查不力的官员，则予以停调处理。其中江西巡抚裴律因清查不力而被审问，后来查出他本身就有贪污，被参劾。
胤禛对于贪官深痛恶觉，查出后一律治罪。连河道总督赵世显以及过去经常给康熙帝写密折的苏州织造李煦等贪官都被抄了家。一时之间，清廷官场风气为之一肃。
而清查使财政好转，一年后就有了赢余。
他还实行了“火耗归公”的制度，进一步充盈国库。
在税制上推行“摊丁入亩”，减轻了农工的负担；“废除贱-
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