福州官员听闻农民军到来，个个逃命，朱温作战勇猛，升校尉。初，黄巢本是读书人出生，也算半个儒生，其知道领军打仗，智勇双全才可以获胜，于是在军中谣说：“凡事遇到儒生就杀戮，军队就必然会覆灭。”黄巢入闽，俘民绐称儒者，皆释放。黄巢围福州，观察使韦岫率军两万出战，两军对垒，官军们看到密密麻麻的农民军个个发麻，韦岫一声令下领军冲杀，农民军势大，官军不胜，韦岫弃城遁，黄巢率军入城，屠贪官污吏。晚上，黄巢带兵过崇文馆校书郎黄璞家，黄璞正在秉烛夜读，黄巢下令说：“此儒者，灭火炬不要焚烧其屋。”黄巢重视儒生，军威又起。时，儒者赵璋正在武夷山隐居，听闻黄巢重士人，立即加入农民军。黄巢听闻赵璋才高八斗，于是封其为行军祭酒。不久，闽地诸州皆归顺黄巢，朝廷诏高骈为镇海节度使、诸道行营都统兼盐铁转运使以加紧打击黄巢。
高骈派大将张潾、梁缵继续南下追击黄巢，福建各地又归顺朝廷，黄巢于是离开福建，陷汕头，进寇广州，岭南东道节度使李迢率兵拒守。时，广州乃唐朝第一商埠，城里住有很多外国商人，李迢召集他们说：“黄巢乃逆贼，城破之日就会烧杀抢掠，大家想活命就和本节度使拼死守城。”那些老外为了活命，个个拿起武器准备和农民军拼个你死我活。黄巢令朱温带兵攻打广州城，朱存身先士卒被乱箭射死，朱温痛哭流涕，下令撤军。
黄巢久攻广州不下，给节度使李迢书，书说：“巢聚众为乱是为民请命，朝廷如表本大将军为天平节度，本大将军立即归顺朝廷，如不然鱼死网破，观察使崔璆性命难保。”李迢把文书上报朝廷，唐僖宗看到黄巢的归顺文书，立即召集群臣商议，宰相卢携当时正重用淮南节度使高骈，欲让高骈建立功劳，便说：“高骈才略无双，淮南军更是天下精兵，而且各地军队就快到了。我们又何必惧怕一个小小毛贼，让各地军队离心呢？”另一宰相郑畋说：“黄巢因饥荒而起义，靠钱财聚集军队，所以能从江淮起兵，席卷全国。而国家太平日久，兵将忘记了战争，所以各地都闭关不敢出战。如果以恩德来免除罪过，等到丰年，黄巢部下想回家，军队离散，黄巢便成了砧板上的肉，这就是兵法所说的‘不战而屈人之兵’。如今不靠计谋取胜，而靠着军队攻打，我担心国家的担忧不会了结。”左仆射于琮说：“岭南出产宝物，富甲天下，如果交给黄巢，国家财源就枯竭了。”唐僖宗心里也指望高骈，于是同意了卢携的提议，乃暂时拜黄巢率府率。僖宗下令卢携起草诏书时，郑畋说：“贼军百万，横行天下，高骈消极作战，无意消灭贼寇。国家的安危全靠我们，您依靠淮南军，我不知道结局会怎样。”卢携大怒，拂袖欲去，结果不小心把袖子飘到砚台里。唐僖宗怒道：“宰相互相谩骂，如何为天下表率。”便罢免了二人的相位。郑畋被贬为太子宾客，任命卢携为太子宾客分司。
中人来到广州，宣读圣旨说：“黄巢为民请命，朕已知之，现在特封其为率府率，希望其能够效忠朝廷，为民办事，为国效力！”黄巢问中使：“率府率是个什么官？”中使说：“那可是个肥缺，掌水泽出产之官。”黄巢一听掌水泽出产，大怒说：“玉帝封孙悟空为弼马温，结果天庭被闹翻，唐僖宗封我为率府率，这是对我极大的侮辱。”于是急攻广州。
朱温宝剑在手，怒说：“后退者皆斩。”于是身先士卒，首先登城，李迢不能够抵挡，黄巢军攻进广州城，执李迢，开始屠城，十几万外国人被屠杀。黄巢于是定都广州。黄巢令尚让、孟楷攻取安南，准备做华南王。
不久，广州爆发瘟疫，起义军不少人感染瘟疫，死者十之三四，部下思乡心切，很多谋士对黄巢说：“广州的财富我们已取完，现在瘟疫横行，不如北归，以图大利”。黄巢见广州城难以为久，开始谋北上，于是问计赵璋，赵璋说：“唐首乱者乃庞勋，其从桂林起兵，一路北上，攻占湖南、湖北到达江淮，之后不思进取被朝廷攻灭。将军想北上必先取桂林。”黄巢乃自号“义军都统”，传檄各地说：“皇帝昏庸，宦竖柄朝，垢蠹纪纲，诸臣与中人赂遗交构，郡吏鱼肉百姓，县令贪赃枉法，科举用人失才，国家已到水深火热之中，吾为民请命，将率军入关，清除宦竖，禁刺史殖财产，县令犯赃者灭族，汝等不要拒我”。黄巢率军夹持李迢离开广州，向西北进发，攻取桂林，一路上贫苦、破产的农民不断加入，巢下令自桂林编大桴，沿湘下衡阳、永州。
宰相王鐸见黄巢猖獗，请自行出征。唐僖宗见宰相亲自出马，高兴的说：“有公出马，孤就放心了。”乃拜王鐸为荆南节度使、南面行营招讨都统，率诸道兵进讨。王鐸屯江陵，表泰宁节度使李系为招讨副使、湖南观察使，以先锋屯潭州，两屯烽驿相望。黄巢大军掠到潭州城下，李系率军五万出战，黄巢令孟楷出马，孟楷和李系